Bienvenidos al curso de Programación para las ciencias biológicas. Este curso trata del estudio y uso de herramientas computacionales que permiten automatizar de manera confiable los procesos de exploración análisis comparación y manipulación de cadenas de los ácidos nucleicos usando los lenguajes de programación BASH R y Python a través del paradigma pedagógico ignaciano.

¿Qué haremos?

En este curso nos vamos a ayudar de las herramientas computacionales para analizar las cadenas de los ácidos nucleicos las cuales, sin estas herramientas, pueden ser muy complejas y difíciles de estudiar, debido principalmenta a la gran extensión de tamaño que estas cadenas pueden tener, pero que sin embargo con la ayuda de las herramientas computacionales y los lenguajes de programación BASH, R y Python se pueden hacer análisis de gran envergadura, muchos de los cuales se pueden automatizar y con la ayuda de servidores especializados, los resultados pueden ser obtenidos varias horas después

¿Por qué lo haremos?

Los procesos de estudio de las cadenas de ADN ha evolucionado a través de los años, incorporando las herramientas computacionales como una gran ayuda que permite realizar análisis que hace algunos años hubiera requerido de mucho tiempo ó hubieran sido impensables.

Esto se complementa con la relevancia que ha tomado actualmente el poder realizar rápidamente análisis de cadenas de ADN o ARN, para poder compararlas entre ellas y estudiar sus mutaciones y variantes, en ese sentido el hecho de que a poco tiempo de que se identificará el virus del covid-19 se publicara la cadena completa de ha permitido que pueda ser analizada por todos los científicos del mundo.

Con qué lo haremos?

con el manejo de las herramientas de programación BASH, R y Python podremos analizar y comparar cadenas de ADN y ARN para encontrar similitudes o diferencias entre ellas, así como también patrones específicos de las cadenas entre otros.

Bienvenidos a disfrutar de este maravilloso mundo de la computación al servicio de las ciencias biológicas

Importación del OVA de la máquina virtual Lububio.

Instalación de la imagen iso de Lubuntu (R), en la máquina virtual.

Arranque y Menú de Inicio (2/9).

• Para arrancar la máquina, hágalo desde VirtualBox
• Una vez que se haya iniciado, busque el menú de inicio en la esquina inferior izquierda.
• Pruebe abrir aplicaciones en los 4 escritorios de trabajo.
• Identifique los conceptos “Máquina Anfitriona” y “Máquina Virtual”
• Interactúe con el botón mostrar el escritorio.

Trabajando con la máquina virtual (3/9).

• Identifique los accesos directos a los tres entornos de trabajo:
  • Terminal BASH.
  • IDE Spyder para Python.
  • IDE Rstudio para R.
• Identifique en el menú de inicio como arrancar los tres entornos de trabajo.

Trabajando con la máquina virtual (4/9).

• Identifique las de esta máquina con Bio-Linux:
  • Acceda a la documentación de referencia de Bio-Linux.
  • Identifique que paquetes se podrían instalar en nuestra máquina virtual.
  • Revise la descripción de algunos de los paquetes de la documentación de referencia de Bio-Linux.
  • Revise el material introductorio y guía de usuario de Bio-Linux como referencia para nuestra máquina virtual.

Trabajando con la máquina virtual (5/9).

• Interactúe con la interfaz gráfica:
  • Use el gestor de archivos.
  • Identifique su carpeta de usuario “manager” y sus subcarpetas.
  • Identifique el escritorio.
  • Identifique la papelera
• Recuerde que mucho programas funcionan desde el terminal sin entorno gráfico.

Trabajando con la máquina virtual (6/9).

• Interactúe con la interfaz gráfica:
  • Cree un archivo en el Escritorio.
  • Borre el archivo creado.
  • vacíe la papelera.
• Explore el sistema operativo y abra los programas desde el menú de inicio.

Trabajando con la máquina virtual (7/9).

• Abra el terminal QTerminal e interactúe con el:
  • Lance el navegador Firefox desde el terminal.
  • Cierre el navegador Firefox interrumpiendo su ejecución.
  • Familiarícese con el terminal y las rutas del sistema de ficheros.
• Pruebe los comandos propuestos en el video.

Trabajando con la máquina virtual (8/9).

• Use el terminal QTerminal e interactúe con el:
  • Determine la ruta en la en que se encuentre.
  • Identifique los tipos de ficheros que se pueden listar en QTerminal.
  • Conozca como regresar de manera sencilla a su carpeta de usuario.
  • Aprenda a usar el atajo de teclado
  • Aprenda a navegar a través del árbol del sistema de ficheros.
• Pruebe los comandos propuestos en el video.

Video introductorio del uso de Lububio (9/9).

• Mire el video y practique lo que se propone en el mismo.